一招解決DNA Marker條帶扭曲分不開

欄目:精品推薦 發布時間:2019-07-15
如使用東盛DSRed或其他新型無毒核酸染料,請搭配東盛LD DNA Marker; 如使用EB或Goldview類核酸染料,請搭配東盛經典DNA Marker。

經常做分子實驗的同學都知道,核酸染料可以和核酸分子(DNA、RNA,本文以DNA為例)相結合,在激發光的照射下發出熒光。核酸電泳就是利用這個原理通過核酸染料來指示DNA片段的大小和大致的濃度。

不同的核酸染料的分子結構不同,與DNA結合的方式也不同,如果在電泳前結合的話會對電泳產生不同程度的影響。這一期,小編就為大家厘清不同染料之間的區別。


下圖是東盛生物的Marker1用兩種不同的染料染色后(膠染法,即制膠時加入染料,預染法的一種)的電泳圖

從上圖可以看出染料的用量和染料的種類都會影響DNA條帶的形狀和分離情況。



關于核酸染料對電泳的影響已經引起了很多科研人員的重視,如2018年的一篇文章《核酸染料GeneGreen可影響DNA瓊脂糖凝膠電泳條帶的質量》闡述了一種新型核酸染料對DNA電泳的影響遠大于傳統核酸染料溴化乙錠(EB)。


該文主要驗證了膠染法和后染法(電泳后置于染液中染色)對DNA條帶的不同影響,主要實驗內容如下:


結果:在含1×GeneGreen的瓊脂糖凝膠中,3種DNA Marker的較大條帶均不單一,呈“拖尾”現象;而最小的Marker條帶單一,無扭曲和拖尾”(圖1A)。在含1×溴化乙錠的瓊脂糖凝膠中,3種DNA Marker的條帶均呈現單一的條帶(圖1B)。


結果:在含2×GeneGreen的瓊脂糖凝膠中,3種DNA Marker較大相對分子質量的條帶均不單一,而較小相對分子質量的條帶無扭曲和“拖尾”,但總體質量較1×核酸染料的凝膠好;而在2×溴化乙錠的瓊脂糖凝膠中,3種DNA  Marker的條帶均呈現單一的條帶,與1×溴化乙錠的瓊脂糖凝膠中的條帶質量無明顯差異(圖2)。


結果:采用核酸電泳后瓊脂糖凝膠染色的方式,1×GeneGreen(圖3A)和1×溴化乙錠(圖3B)兩種核酸染料的瓊脂糖凝膠中均可以見條帶單一、無扭曲的DNA條帶。(圖中后染法的染色效果不太好,但其實后染法也可以把條帶染得很清晰。)


除了GeneGreen外,其他新型核酸染料如GelRed、GelGreen、以及SYBR系列等染料均會影響DNA的遷移。


原因在于核酸染料通過靜電作用結合DNA后改變了DNA的空間結構,DNA攜帶的負電荷減少,分子量增大,使DNA分子在瓊脂糖凝膠中的相互作用力發生了改變。其運動特點就與未結合染料的DNA分子不同了。


EB結合DNA的方式是直接嵌入堿基對之間,對DNA的空間結構影響不大,因此對DNA的遷移影響也不大。


出于安全考慮,新型核酸染料的分子結構都大于EB,以使其不能穿透細胞膜進入人體細胞。


這些新型染料與較短DNA分子結合后,電泳過程中不會出現DNA條帶扭曲或“拖尾”現象;而在與較長DNA分子結合后,能夠影響DNA條帶的形態。


現在我們明白了染料對核酸電泳的影響,關于怎樣避免新型染料的這種干擾,有以下建議:

  1. 采用后染法進行染色

  2. 選擇質量好、干擾小的核酸染料

  3. 選用與染料配套的DNA Marker


由于不同廠家的DNA Marker生產工藝不同,與不同核酸染料的搭配效果也可能不同。在使用東盛DNA Marker時如果出現了條帶異常的現象,請及時向我們反饋。技術支持郵箱technique@dongshengbio.com。


大家使用預染法時,可依據染料類型選購東盛生物經典DNA Marker或LD系列DNA Marker。



如使用東盛生物DSRed或其他新型無毒核酸染料,請搭配LD DNA Marker;


如使用EB或Goldview類核酸染料,請搭配經典DNA Marker


特別提醒,市場上核酸染料名稱繁雜,質量參差不齊,不能強求所有染料染色的Marker都有良好效果哦~







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